À l'époque de l'Indépendance, le sanctuaire, sans rompre avec d'anciennes pratiques, lève pour son compte des taxes portuaires qu'il met en adjudication : sur le déchargement des marchandises, le fonctionnement du cabestan et la sortie des navires ; et l'on peut citer le nom de quelques-uns des adjudicataires qui, tout en exerçant un autre métier, complètent de la sorte leurs revenus. Durant cette période, les habitants de l'île se montrent soucieux de l'entretien de leurs installations portuaires : entre 217 et 171, ils engagent régulièrement des fonds - modestes - pour des travaux sur le chôma. La vie des marchands à Délos échappe pourtant presque complètement. On sait que des citoyens déliens ont été nauclères, mais les inscriptions ne font connaître ni emporoi, ni entrepositaires. Un dossier de prêt laisse penser que la fortune du dieu a servi à monter des opérations commerciales. Étudiant les comptes du sanctuaire, Gustave Glotz a lié variations sur les prix de certaines marchandises et histoire politique en Égée. Ainsi, la poix utilisée en quantité dans l'île pour encaustiquer boiseries, autels et statues, se paie plus ou moins cher selon l'état de ses relations avec la Macédoine qui l'exporte. La forte baisse du cours de cette marchandise en 179 serait à mettre en relation avec le libéralisme économique de Philippe de Macédoine et sa politique bienveillante à l'égard de Délos, lui octroyant en signe de reconnaissance des couronnes.

    Devenue colonie athénienne par décision des sénateurs romains, l'île qui jouit de privilèges fiscaux - une "franchise" selon Polybe - se trouve administrée par le peuple d'Athènes et ses magistrats. Strabon leur donne quitus. Dans un premier temps, ils "s'occupèrent suffisamment des affaires religieuses et commerciales". Délos profite de l'affaiblissement de la puissance rhodienne, de la ruine de Carthage, de la destruction de Corinthe en 146 et de la création de la Province d'Asie en 133 qui favorisa le développemnt des échanges entre l'Italie et la Méditerranée orientale. Au vu des textes épigraphiques les félicitant pour leurs bons services, les épimélètes de l'emporion délien - ayant un bureau - s'apparentent à ceux de Rhodes ou de Milet. Ils ne semblent pas se distinguer de ceux du Pirée ou d'autres emporia que les Athéniens ont contrôlés comme à Amphipolis où, assistés d'un secrétaire, ils sont trois.