Bien que nombreuses, les recherches sur le commerce délien ont le plus souvent négligé la question de l'aménagement du littoral. Reprise aujourd'hui, cette étude montre que l'emprise des docks est moins importante qu'on ne le supposait. On a eu tendance à faire de tout bâtiment non identifié en bord de mer un entrepôt. Les aménagements portuaires de Délos n'ont d'ailleurs pas été imposés par les seules exigences du commerce, mais par des conditions naturelles défavorables. Au Nord de l'île, la baie de Skardhana - à la différence de celles de Fourni au Sud, bien abritée, et de Gourna, au Nord-Est - est impropre à la navigation dès le moindre souffle d'air. L'anse du Port sacré n'est guère meilleure. Très tôt, dès l'époque archaïque, il fallut la protéger par un môle de blocs granitiques gigantesques. L'accueil des pèlerins imposait cet ouvrage d'art qui eut à terme pour effet le comblement du bassin. À l'époque hellénistique, il fallut remblayer ce bourbier. Théophrastos, épimélète de l'emporion en 126/5, s'attacha à ces travaux.

    Dès la fin du VIe siècle avant notre ère, comme le suggèrent des particularités architecturales, les accès à l'Oikos des Naxiens et au temple de Léto furent transformés. Cette modification des trajets dans le sanctuaire, obligeant à débarquer devant l'agora des Déliens et non plus dans le secteur du Monument aux hexagones et de ce qu'une inscription appelle la Porte du débarcadère était peut-être déjà due à l'envasement de la partie Nord du Port sacré. Une borne des vaisseaux longs, trouvée aux abords du Portique de Philippe V de Macédoine, témoigne du fait que ce bassin dans le premier tiers du IIe siècle av. J.-C. ne recevait pas seulement pèlerins et marchands, mais aussi des flottes de guerre demandant l'asylie.

    Au Nord du Port sacré, les aménagements du temps de la colonie athénienne, peut-être dans son époque la plus récente, si l'on se fie à certaines particularités des sols de mosaïques, n'ont pas eu non plus des visées commerciales. Un programme urbain audacieux s'est emparé du front de mer : il se compose d'un ensemble de demeures, organisé sur trois niveaux. Construit autour d'une citerne centrale, chaque ensemble se jouant de la forte déclivité du littoral appuie son palier inférieur sur de grandes masses de granit. Ces dalles aujourd'hui immergées ne formaient pas une jetée continue se raccordant au môle du Port sacré ; elles servaient moins de protection contre les assauts de la houle, en un temps où le niveau marin était beaucoup plus bas que de fondations à ces unités d'habitations.