La documentation épigraphique fait connaître, pour la période de l'Indépendance et dès le premier quart du IIIe s. avant notre ère, quelques noms de négociants liés à la vente au détail. Ces mentions apparaissent au hasard de la location - au profit du dieu - de maisons, magasins, entrepôts ou ateliers. Certains de ces locaux sont situés "sur le port", mais il est vain de préciser davantage et de chercher à accorder textes et vestiges. Ceux de boutiques ont été repérés sur l'ensemble du site délien. Aux abords du sanctuaire, elles se sont développées autour de l'Agora des Déliens, à l'Est du Portique de Philippe, au Monument de granit ou à l'Agora des Italiens. D'autres se sont implantées dans des quartiers d'habitation, comme celui de Skardhana (Ilôt de la Maison des comédiens, Maison des sceaux, etc...) et celui du Stade où se trouvaient également, à proximité, deux ateliers de pourpre.

    C'est dans le quartier du Théâtre que les boutiques sont les plus nombreuses. On en compte plus de quatre-vingts. Elles se répartissent en trois catégories. La majorité d'entre elles se réduisent à une seule pièce. Plusieurs comportent une arrière-boutique qui a pu servir d'atelier. Elles disposent plus rarement d'un étage ou d'une soupente. De dimension modeste, 18 m2 en moyenne, elles se rencontrent le long des deux artères principales : rue du théâtre et rue 5. Ouvertes sur l'extérieur par une ou plusieurs baies, dont sont conservés les systèmes de fermeture, ces pièces indépendantes, rectangulaires pour la plupart, n'ont pas de communication avec les maisons auxquelles elles sont attenantes et sont exceptionnellement alimentées en eau. Elles empiètent parfois sur la voie publique, ce qui tend à montrer qu'elles se sont multipliées avec le temps.

    Trop pauvre, le matériel recueilli empêche de déterminer leur usage. Le dispositif le plus fréquent consiste en un ou plusieurs pithoi enfouis dans le sol. Outre leur rôle dans le commerce de grains ou de liquides, ces lieux ont abrité des activités de transformation. Plusieurs moulins à grain, une huilerie de la période hellénistique, un pressoir à vin d'époque tardive - semblable à celui de l'Agora des Italiens -, ont été identifiés dans le Quartier du théâtre. On connaît aussi un atelier de potier, deux autres de foulon. Liées à une phase récente de l'histoire délienne, ces installations se sont faites aux dépens d'habitations réaménagées en locaux utilitaires.