La reprise de son activité en janvier 1866 fut à l'origine du développement des recherches archéologiques. Elles étaient restées jusque-là modestes. Charles Benoist, membre de l'École française d'Athènes, avait visité l'île en 1847 et rédigé un mémoire sur sa topographie, ses légendes et les moeurs de ses habitants. Il avait décrit avec romantisme "ce noir cratère, cette nature bouleversée par les puissances infernales, ces roches brûlées battues par une mer furieuse. Une demi-journée passée à lire la Théogonie d'Hésiode sur "ces ruines des révolutions souterraines "persuadait de la réalité du combat des géants !" En 1856, des fouilles à Kamari avaient révélé des inscriptions d'époque romaine et assuré l'identification du site avec l'antique Oia. Dix ans plus tard, Ferdinand Fouqué commençait à rassembler les éléments d'une monographie sur les éruptions de Santorin. Ce normalien, scientifique de formation, avait regretté, quelques années auparavant, de ne pouvoir intégrer l'École française d'Athènes pour y développer, en liaison avec des archéologues, des recherches de topographie, de géologie et d'histoire naturelle. Son élève, le physicien Henri Gorceix, lui donna sa revanche. Il inaugura en 1868 une section des sciences - dont il fut le seul membre - et s'intéressa, comme on pouvait s'y attendre, à Santorin.

    Propice aux excursions, ce lieu à la mode attira les premiers touristes dans les Cyclades. Gobineau, ministre plénipotentiaire en Grèce, décrira dans une nouvelle à succès, Akrivie Phrangopoulo, "le cône immense d'une montagne incandescente". "C'était un manteau de pourpre qui déroulait incessamment de nouveaux plis ; à mesure que l'étoffe enflammée arrivait vers la base, elle se séparait en franges qui semblaient soyeuses, et la couleur se modifiant passait du rouge le plus éclatant aux différentes teintes d'orangé, de jaune vif et de cinabre". Secouée par les convulsions de son volcan, l'île était agitée dans le même temps par la fièvre de l'exploitation de ses minières. Pour isoler les parois du canal de Suez qu'il faisait construire, Ferdinand de Lesseps eut recours à partir de 1859 aux gisements de pouzzolane les plus proches, ceux de Thérasia. Les premiers vestiges d'une civilisation préhistorique furent alors dégagés.