Encore fallait-il le mettre à jour par des fouilles. Elles ne commencèrent vraiment qu'à partir de 1873 avec les travaux de l'Ecole Française d'Athènes dans le sanctuaire d'Apollon. Auparavant, suivant les pas de Tournefort qui dès 1700 donna la meilleure autopsie des vestiges, les visiteurs, déroutés par l'amas des déblais, répètent les mêmes erreurs d'interprétation que le botaniste ! Tous constatent avec tristesse la disparition des monuments du passé et relèvent l'emploi continuel de fragments antiques comme matériaux de contruction modernes. En 1829, un consul français, à l'esprit audacieux, fera le projet de construire des entrepôts dans ce no man's land et d'y établir un Lazaret, comme on le fit à Rhénée pour soulager la quarantaine de Syros. Il fallut attendre au début de notre siècle la "grande fouille" financée par le Duc de Loubat et l'exploration d'habitations dans le quartier du Théâtre pour que, sous la plume des voyageurs, le cliché de la Délos déserte s'efface devant celui de la nouvelle Pompéi. Simone de Beauvoir l'exprimera avec naïveté : "Nous avons tant aimé les lions méditants, parmi les marbres des temples ! Nous aimions tant que, comme à Pompéi, ces ruines fussent en grande partie celles d'une ville vivante : un port avec ses magasins, ses entrepôts, ses échoppes, ses boîtes à matelots !"

    AU CENTRE DES CYCLADES : NAXOS

    Nointel fuira Délos sans le même enthousiasme, alors que le temps s'était remis. Pourtant, "après vingt milles de navigation, le vent, changeant tout d'un coup, m'a fait craindre la nécessité de retourner en arrière, et par malheur, ce n'était pas la seule appréhension que j'eusse ; mais j'ai été délivré de tout péril lorsque le temps m'a permis de mouiller dans Ayoussa [Naoussa], l'un des bons et grands ports de l'île de Paros". On atteignit enfin, le lendemain 6 novembre 1673, Naxos, la plus grande des Cyclades.

    L'accueil fut grandiose. Nointel s'en félicite dans une lettre du 10 décembre 1673. "J'y ai trouvé sur la Marine le clergé latin séculier, en procession avec la croix et la bannière, précédant son archevêque, les Religieux, la noblesse et le peuple". Il logea chez le consul de France, Crusino Coronello, dans l'enceinte de la forteresse vénitienne dominant la porte d'un temple que l'on crut longtemps celui de Dionysos et le rivage où Thésée abandonna Ariane. Comme le rappellera Tournefort, "le château situé sur le haut de la ville, est l'ouvrage de Marc Sanudo, premier duc de l'Archipel : c'est une enceinte flanquée de grosses tours qui en renferment une plus considérable, carrée, dont les murailles sont fort épaisses, et qui proprement était le palais des ducs". La conquête de Venise en 1220 et son duché qui englobait, entre autres, Paros, Antiparos, Milo, Kimolos (L'Argentière), Anafi, Santorin, passèrent en 1566 aux mains des Turcs sans bouleverser la vie dans l'île. Les mêmes tensions entre noblesses latine et grecque, les mêmes querelles entre religieux de tous rites continuèrent de l'agiter.