La dernière partie du voyage commence le 20 septembre, alors que l'aviso quitte Kalymnos pour rejoindre Astypaléa. La violence du vent l'empêche d'aborder, le 24, à Anaphi. Reinach fera étape, l'après-midi, à Santorin, découvrant le "bel établissement des lazaristes" et des collections privées. Dans la nuit, la mer, très grosse, contraint le navire à chercher un abri à Nios. Trois journées à Amorgos ne suffiront pas à apaiser les regrets de Reinach. "Si j'avais eu quinze jours à y passer, j'aurais largement pu les employer à mes recherches et ces recherches n'auraient pas été infructueuses". Mais il n'a que le temps de parcourir l'île et de repérer les sites les plus prometteurs.

    Après une "navigation très accidentée" - la foudre est tombée sur le navire -, Reinach débarque, le 29 septembre, à Milo. Les antiquités y sont hors de prix. Un Alexandre d'argent acheté 1,25 franc à Lemnos est proposé à Milo cent francs. Reinach offre cette somme pour "une magnifique pierre gravée, une amazone à cheval et une amazone assise à côté d'elle"; on lui en demande dix mille. Il renonce et se console en se faisant raconter l'histoire de la découverte de la Vénus et celle du Neptune. Le sujet le retiendra plusieurs fois dans sa vie de savant. L'importance de cette statuaire lui avait été révélée, comme on l'a vu, par P. Foucart. Mais Reinach savait aussi que Tissot avait été dégoûté de l'archéologie grecque par celui qu'il avait appelé, "dans un premier moment d'enthousiasme", "le frère de la Vénus de Milo". En mars 1877, il avait tenté l'acquisition de ce Poseidon pour la France, avait échoué et se désolait de voir au Musée national d'Athènes les fragments, encore épars, de la statue. Reinach entendit la version des faits que lui soumit Brest, le fils du consul. Elle n'était pas à l'avantage de Tissot qui avait montré trop de défiance.

    Le 1er octobre, Reinach rejoindra Le Pirée, "à cinq heures du soir". En action de grâces pour cette heureuse navigation, il fera suivre cette dernière indication d'un AMEN.