Ayant consolidé ses revenus en vue de sa retraite et effectué un nouveau séjour d'affaires en Amérique du Nord et à Cuba, il prépare ses premières recherches archéologiques. Dès 1868, elles le conduiront à Ithaque, dans le Péloponnèse et en Troade. Elles lui vaudront le titre de docteur de l'Université de Rostock. Il avait pour le négociant valeur de reconnaissance intellectuelle. Acte III et changement de décor. En 1870, Schliemann est établi à Athènes. Citoyen américain, il a divorcé, l'année précédente, à Indianapolis de son épouse russe. Il s'est marié, cinq mois plus tard, avec Sophia Kastromenos, une jeune fille de 17 ans, dont le père est marchand d'étoffes. Il a sélectionné cette Athénienne dans un album de photographies préparé par un ami, archevêque de Mantinée. Schliemann, tel Pygmalion, s'attache à former sa créature pour unir la science à la beauté. Guidé par l'amour de Sophia et soutenu par les relations de Frank Calvert, le vice-consul des États-Unis aux Dardanelles, il exhumera les ruines de Troie sur la colline d'Hissarlik.

    Là se dérouleront sept campagnes de fouilles, irrégulièrement conduites pendant vingt ans, entre 1870 et 1890. Servi par la chance, aidé par sa fortune, Schliemann recueillit des milliers d'objets. Non sans manifester un intérêt véritablement scientifique - et original à l'époque - pour la stratigraphie et le matériel céramique. Il fut le premier à établir qu'existaient sur le site d'Hissarlik les vestiges superposés de plusieurs établissements successifs. Il publia vite et avec luxe le fruit de ses travaux. Le magnifique atlas d'Ilios, ville et pays des Troyens en témoigne. En voulant démontrer que ces ruines du second millénaire avant J.-C. correspondaient à ce que dit l'Iliade de la guerre de Troie, Schliemann inaugurait enfin une archéologie interrogative - même si le problème posé est aujourd'hui dénué de sens. Homère ne fait pas oeuvre d'historien, mais de poète. Recréant un passé exemplaire et lointain, ses épopées permettaient aux Grecs des IXe et VIIIe siècles avant notre ère de "conquérir leur identité à l'ombre des héros".